Le terme hydroponique a été inventé aux États-Unis au début des années 1930 pour décrire le processus de culture des plantes ayant leurs racines suspendues dans l'eau contenant des sels minéraux. Dérivé des mots grecque pour "eau" (hydro) et "travailler" (ponos), hydroponique signifie littéralement "travailler avec l'eau". La définition a été graduellement élargie pour inclure toutes formes de jardinage sans sol.
L'histoire des jardins hydroponiques remonte aux Jardins Suspendus babyloniens. Les Aztèque ont développé un système de culture sur radeaux sur des lacs peu profond. Il est toujours possible de voir des jardins flottants près de la ville de Mexico. Le développement de l'hydroponique en Europe n'a débuté qu'en 1699 lorsque Woodward réussit à faire pousser des plantes dans une solution d'eau et de terre. Liebig, un scientifique Allemand, se mit à utiliser des solutions nutritives pour étudier le besoin nutritionnel des plantes dans les années 1850. Il fut suivi par Sachs en 1860 et Knop en 1861 qui fit des études sur les éléments nutritifs en solutions aqueuses. Ils réussirent à cultiver des plantes en solutions de nutriments composés de sels minéraux qui éliminèrent ainsi le besoin de terre.
La recherche sur les besoins nutritifs des plantes continua durant les années 1870. En 1925, des applications concrètes de l'hydroponique commencèrent à être utilisé par l'industrie serricole. Le développement de l'hydroponique accéléra durant la décénnie suivante lorsque les chercheurs commencèrent à voir son potentiel. En 1930, Gericke produisit le premier système hydroponique commercial aux États-Unis. Plus tard, durant la Deuxième guerre mondiale, les force américaines dans le Pacifique cultivèrent des légumes hydroponiquement. Le développement continua et l'utilisation commerciale de l'hydroponique se propagea graduellement à travers le monde. Ce fut le développement d'un système appelé N.F.T. par le Dr Alan Cooper dans les années 1970 ainsi que de meilleures formules nutritives qui permirent à l'hydroponique de devenir commercialement viable.
Depuis, des systèmes de contrôles automatisés ainsi que des équipements de test numérique furent développés et permirent à l'hydroponique de devenir une possibilité pour les jardiniers amateurs.